開祖玉翁和尚は元鎌倉建長寺派に属し、韮山山木の高山寺(香山寺)隠居として大平の地に庵を結び、建武年中に臥雲庵を開創しました。(約670年前)

　　しかしその後、数世歴住したものの、堂宇は廃頽してしまいました。
　　戦国時代になり吉原善得寺末、そして興津清見寺末に換わり、天正16年（1588年)に吉原の善得寺にいた東谷宗杲禅師の弟子　通叟座元禅師が入寺しています。

　　そして慶安三年(1651年)妙心寺護国禅師の法系である悦山和尚(中興開山)が住職となり臥雲寺を再興し、妙心寺派となりました。

　　ながらく本堂兼庫裡の建物でありましたが、昭和元年に現本堂を、昭和五十年に、現在の庫裏を再建し、平成九年には本堂を瓦葺きから銅板葺きに屋根替えをしました。